三、机构设置
1、内设机构：
办公室（挂人事教育科牌子）：负责组织、综合、协调局机关各科室及直属单位政务和业务工作，草拟工作计划、工作报告、组织全局性会议；搜集、整理畜牧生产情况和经济信息，调查研究、了解畜牧业新情况、新问题；搞好宣传报道，为领导决策提供参考依据。制定机关管理各项规章制度；管理文书、科技教育、人事档案；做好文件收发、传阅、立卷归档；承办、督办局长办公会决定的工作事项；管理机关职工生活、用车、机关安全、环境卫生、机关财产、后勤服务等事务性工作。指导和管理畜牧兽医学会和协会的日常工作。负责做好干部职工的考核、选拨、调配、晋级、奖惩等工作，管理干部职工的劳动工资和办理退休、退职手续；承担畜牧系统行政监察和工、青、妇工作；负责专业技术人员再教育和业务培训工作。
计划财务科：具体参与拟订畜牧业中长期发展规划和年度计划以及畜牧业商品基地项目计划；负责畜牧业项目的申定、申报、立项；负责管理畜牧业事业费；加强财务管理，严格财经纪律，管好用好资金；负责畜牧事业财务决算编制；指导局直三场的经营和财务管理；负责避直事业单位及基层畜牧兽医站的财务审计工作；负责畜牧业外资、外事工作；负责编制局机关、局直单位的基建计划及国有资产的管理。
畜牧科：负责全市生产调查，制定畜牧业发展规划和年度计划，拟订新技术试验示范方案并组织实施。负责畜禽良种繁育体系建设及种畜、种禽场的生产与技术管理，做好畜禽品种资源开发、利用改良工作，组织推进畜牧业规模化、集约化经营。抓好种草养畜、特种经济动物的养殖示范工作；负责对种畜（禽）场生产与管理和饲料加工业的管理，承担畜牧生产培训和技术交流。
重大动物疫病防控科的主要职责是：拟订并组织实施全市动物疫病防治的规划和计划；组织拟订全市动物疫病防治的法规、政策、措施和技术规范；拟订并组织实施全市重大动物疫情应急预案；负责动物疫情监测、调查、报告工作；承担全市防治重大动物疫病指挥部办公室的日常工作。
畜产品安全监督科（挂科教法规科牌子）的主要职责是：拟定并组织实施畜牧、兽医和畜产品安全的地方性法规、政策、质量标准；负责全市无公害畜产品生产及加工业管理工作；承担无公害、绿色、有机畜产品的产地认定和产品认证的管理工作；组织实施畜产品安全监测和畜牧业生产资料市场打假整治工作；负责全市畜牧技术推广管理工作；组织实施重大畜牧兽医科技进步项目；承担畜牧兽医科技入户和农民技术培训的组织管理工作（人事教育科原承担的畜牧兽医科技管理职能划转到该科）；承担全市畜牧兽医行业协会和学会的业务指导工作。
2、直属机构：
市动物卫生监督所主要承担依法实施全市动物防疫、动物及动物产品检疫、动物产品安全和兽药监管等行政执法工作。
市兽医站主要负责实施全市动物疫病监测、预警、预报、实验室诊断、流行病学调查、疫情报告；提出我市重大动物疫病防控技术方案；指导全市动物疫病预防技术、技术培训、科普宣传；承担动物产品安全相关技术检测工作。
市城区动物检疫站负责城区各畜禽定点屠宰场的驻场检疫及城区所有农贸市场畜禽产品的检疫工作；同时，履行城区动物卫生执法职能。
市种畜场、市国营乍洲种畜场、市种鸡场主要承担全市优质种畜禽的引种、养殖技术推广及地方品种的改良工作。
3、下派机构：
全市20个乡镇畜牧兽医站为市畜牧兽医局派驻机构。全市乡镇畜牧兽医站主要承担动物强制免疫的监督实施；依法承担动物和动物产品检疫、动物疫情调查、监测、兽药监督管理等工作。