1、内设机构
      办公室（加挂人事教育科）：负责组织协调局机关各科室、局直属事业单位业务工作，督办局办公会、局长办公会决定的工作事项；负责组织宣传报道；负责组织起草综合性文件、报告、综合性会议材料；负责畜牧业综合信息，制定并监督实施局机关管理的各项规章制度；负责综合性会议筹备、督办、文秘、文印、提案议案办理、机要、保密、通讯、档案、图书资料管理及信访接待工作；负责机关房地产、车辆和办公设施等物业管理；负责机关院内和宿舍区绿化美化、卫生保洁、安全保卫；负责用车服务和行车安全、生活服务及其它后勤保障工作。负责局系统机构编制和人事劳动工资工作；按照干部管理权限，协助局党委做好干部任免工作；负责局机关离退休职工管理工作；协调局党委宣传贯彻党的路线、方针、政策和上级党组织的有关指示，做好党、团、工会、女工等群团工作；负责职工政治思想教育、业务培训和文明单位创建工作；负责全市畜牧兽医行业职业技能鉴定的组织协调管理工作；负责局属事业单位的改革工作；负责组织站、所、场技术人员的技术职称的申报、评审、聘任工作。
      发展计划与财务科：负责管理畜牧兽医行业的基本建设项目投资；负责畜牧兽医系统企事业单位财务统计和预决算编制上报工作，负责局属站、所、场的财务监督与管理；负责站、所、场长经营承包指标考核工作；负责畜牧兽医行业项目及财政专项资金的申报与管理；负责外事外资外经工作；负责站、所、场负责人离任审计和局内部审计及机关日常财务管理工作；承办局办公会、局长办公会决定的相关业务工作事项。
      畜牧科：负责宣传贯彻执行国家畜牧法规及实施办法，贯彻落实党和国家发展畜牧业的方针、政策；负责宣传贯彻执行国家草原法及配套法规；负责拟定全市畜牧兽医行业中长期发展规划和年度计划；负责拟订草地畜牧业发展规划和草食畜禽改良规划；负责畜牧生产的综合信息与统计、市场信息的调研及形势分析预警；负责组织畜牧生产的重大技术推广；协助局发展计划与财务科做好畜牧业项目的申报，组织实施推广畜牧业生产新技术及畜牧业项目；负责畜禽良种繁育体系建设与管理；组织实施畜禽品种资源的保护、利用、改良、引进工作；负责组织推进畜牧业的产业化、集约化经营，负责推进畜牧业期货、融资、保险等金融服务；负责行业协会、学会的管理协调工作。主管全市草地监督管理工作，负责组织实施全市草地和农作物秸秆等饲草饲料资源在畜牧业生产中的开发利用；主管全市草食畜禽、草种管理工作，负责草地权属和草种场生产经营行政许可与管理，负责牧草品种资源保护、改良和利用工作；负责组织实施全市草地畜牧业项目建设；负责组织开展草地畜牧业科研、示范及技术推广和人员培训；负责全市畜禽品种改良及良种推广实施工作；负责推广畜禽养殖新技术、新模式，全市畜禽养殖场（户）养殖档案的建立与管理；负责组织协调相关科室做好农民技术培训、科技下乡、进村入户等工作；负责全市畜禽产品加工新技术的推广与实施；指导全市乡（镇）畜牧技术推广工作；承办局办公会、局长办公会决定的相关业务工作事项；负责专业性会议材料的起草与会议的组织工作。
      畜产品安全监督科（挂科教法规科牌子）：组织拟订实施畜牧兽医和畜产品安全的地方性法规、政策、质量标准；贯彻落实兽医、兽药及器械管理方面的法律、法规和政策；负责全市畜产品安全监督体系建设工作；承担无公害、绿色、有机畜产品的产地认定和产品认证申报工作；组织实施畜产品安全监测和畜牧业生产资料市场打假整治工作；组织实施重大兽医科技进步项目；协助局发展计划与财务科做好动物防疫体系建设项目的申报，组织实施动物防疫体系建设的相关项目；负责畜禽养殖、加工环境污染治理和管理方面工作；负责市、区两级畜牧兽医体制改革的检查督办工作；承担执业兽医和乡村兽医动物防疫员的培训、资格认定和管理工作；承担动物诊疗机构的管理工作；负责全市兽医政药政工作；承担兽药生产企业、经营企业和使用环节以及兽药违法案件查处工作的监督管理工作；联系饲料行业管理工作，负责养殖投入品（饲料、兽药、饲料添加剂等）的监督与管理；负责全市乡镇畜牧兽医站管理工作；负责局系统社会治安综合治理；负责局系统安全生产管理工作；负责做好局系统纪检、监察工作；承办局办公会、局长办公会决定的相关业务工作事项；负责专业性会议材料的起草与会议的组织工作。
      重大动物疫病防控科：负责拟订并组织实施全市重大动物疫病防控的规划和计划；负责组织实施全市动物防疫工作；组织拟定全市动物疫病防控的法规、政策、措施和技术规范；负责拟订并组织实施全市重大动物疫情应急预案和应急管理工作；负责组织动物疫情监测、调查、报告、风险评估等工作；负责全市动物病原微生物实验室生物安全管理工作；负责组织实施突发疫情处置工作；负责组织协调实施畜禽标识及疫病可追溯体系建设有关工作；负责专业性会议材料的起草与会议的组织工作；协助相关科室、站所做好防疫技术培训工作；协助发展计划与财务科做好动物防疫体系建设项目的申报，组织实施动物防疫体系建设的相关项目；承办局办公会、局长办公会决定的相关业务工作事项；承担市防治重大动物疫病指挥部办公室的日常工作。
2、直属机构
      市动物卫生监督所（挂鄂州市动物检疫站、鄂州市畜牧兽医综合执法支队牌子）：负责全市动物卫生监督及官方兽医培训、资格认定等工作，负责做好全市依法实施动物防疫、检疫及动物产品安全监管和兽药、饲料的行政执法工作；负责对违犯动物防疫法律法规案件的查处工作；承担重大动物疫情处置工作；负责全市重大动物疫情处置物资的采购与储备；承担流通环节畜禽标识及疫病可追溯体系建设有关具体工作。负责监督和执行国家兽药标准；负责兽药质量监督管理工作；负责兽药、饲料产品监督检验、报批检验、委托检验工作；承担对违犯兽药管理法规案件查处工作；参与仲裁和处理兽药生产、经营、使用中的质量纠纷与事故。负责兽药质量抽样检验监测工作；负责全市兽药经营人员的技术培训；负责实施畜牧兽医行政许可；负责畜禽、蜂产品质量安全抽样检测工作，及时向市畜牧兽医局报告检验结果；指导区、乡镇畜禽产品质量监测工作；组织实施动物防疫体系建设的相关项目；承办局办公会、局长办公会决定的相关业务工作事项。
     市兽医站：负责具体实施全市动物防疫工作及防疫疫苗的组织、储备与发放；负责实施动物疫情的监测、检测、预警、预报、实验室诊断、流行病学调查、疫情报告以及其他预防、控制等技术工作；负责实施动物疫病免疫监测工作，提出动物疫病防控技术方案；承担生产环节及规模场畜禽标识及疫病可追溯体系建设相关具体工作；负责动物疫病预防的技术指导、培训和科普宣传；负责组织实施全市动物血吸虫病和畜禽寄生虫病的查、治、灭、管、防等工作；负责全市动物防疫网络信息系统、网络溯源及应急指挥平台建设工作；承担与动物疫病有关的畜产品安全技术检测工作；承担全市兽医行业职业技能鉴定的相关工作；承担全市动物病原微生物实验室生物安全工作；组织实施动物防疫体系建设的相关项目；负责全市乡镇畜牧兽医站置换身份兽医及退休兽医的管理与协调工作；承担全市乡镇畜牧兽医站管理的具体工作；承办局办公会、局长办公会决定的相关业务工作事项。
      市城区动物检疫站：负责城区各畜禽定点屠宰场的驻场检疫工作；负责城区所有农贸市场畜禽产品的检疫工作；负责城区所有农贸市场活禽检疫工作；协助市动物卫生监督所做好城区动物卫生执法工作；承担鄂州经济开发区及三个街道办事处重大动物疫病防控工作，指导鄂州经济开发区及三个街道办事处畜禽养殖技术的应用与推广；承办局办公会、局长办公会决定的相关业务工作事项。
3、下派机构
      全市21个乡镇畜牧兽医站为市畜牧兽医局派驻机构。全市乡镇畜牧兽医站主要承担动物强制免疫的监督实施；依法承担动物和动物产品检疫、动物疫情调查、监测、兽药监督管理等工作。